Den 28 augusti år 1648 anlände en ung man vid namn Peder Månsson med båt från Stockholm till Åbo. Han inkvarterade sig hos köpmannen Thomas Baxter på Aningaisgatan, på den sida av Aura å som då kallades stadens ”lilla sida”. Peder Månsson hade gått i skola i Karlstad i Värmland och kom för att studera vidare vid den akademi som år 1640 hade grundats i staden. Vid tidpunkten för grundandet var Åbo akademi det tredje äldsta universitetet i det svenska riket efter universiteten i Uppsala och Dorpat (i dag Tartu) i Estland. Studenter från alla delar av det svenska riket, såväl finskspråkiga som svenskspråkiga, sökte sig till staden för att studera. Som ett tecken på att han hade gått den lärda vägen tog Peder Månsson efter tidens sed ett latinskt namn och kallade sig Petrus Gyllenius.
Liksom man i dag ser grupper av studenter i sina färggranna overaller vandra omkring på gatorna i Åbo utgjorde akademins studenter också på 1600-talet ett synligt inslag i stadsbilden. Inslaget av studenter var inte enbart positivt – det hände även att de störde stadens övriga invånare med sitt uppförande. Det var inte ovanligt att det uppstod slagsmål mellan studenterna och andra grupper av ungdomar i staden, särskilt hantverkarnas gesäller och lärlingar. Därtill klagade borgarna över att studenterna störde lugnet på stadens gator med sina skrålande dryckeslag, överfall av människor, dunkande på portar och krossande av fönster. Akademins egna nattvakter som patrullerade gatorna fick ibland fånga upp de värsta bråkmakarna och placera dem i karcern, akademins egen förvaringsplats för studenter som uppfört sig dåligt.
De flesta studenter koncentrerade sig ändå mer på själva studierna än på bråk, så även Petrus Gyllenius. Däremot fördröjdes hans studier av den skrala ekonomin, som genom historien har präglat studentlivet. Många studenter var tvungna att finansiera sina studier genom att arbeta vid sidan om, och ett vanligt sätt att skaffa sig tilläggsinkomster var att fungera som hemlärare för barnen i stadens borgarfamiljer. Långt in på 1800-talet var det vanligt att barn i mer förmögna familjer undervisades i hemmet i stället för att gå i skola. Petrus Gyllenius gjorde sig känd som en begåvad student och fick snart anställning som hemlärare för borgmästaren Johannes Purmerus tre söner. Därmed flyttade han också in hos borgmästarfamiljen. Eftersom inga studentbostäder fanns på 1600-talet hyrde studenter som inte hade släktingar i Åbo in sig hos någon av stadens borgare. För den som blev hemlärare betalades lönen i regel som fritt husrum och fri kost i familjens hem.
För att lyssna på professorernas föreläsningar begav sig Petrus Gyllenius till det gamla akademihuset som var inbyggt i den mur som ännu på 1600-talet omgav domkyrkan på bara några tiotals meters avstånd. Hur nära domkyrkan det gamla medeltida Åbo låg kan man se då man i dag står på gatan mellan domkyrkan och det nya akademihuset. I den låga sluttningen mot domkyrkan kan man se en stenplatta med en inskrift som visar den exakta plats där det gamla akademihuset låg. Eftersom klockor på 1600-talet var både dyra och ovanliga, följde stadens liv domkyrkans klockor. Studenter som skulle gå på föreläsning gav sig iväg då klockorna slog jämna timmar och hade femton minuter på sig att ta sig till akademihuset. Denna tradition är förklaringen till den ”akademiska kvart” som ännu följs vid Åbos två universitet och som innebär att föreläsningarna i praktiken börjar t.ex. klockan 12.15 då det i programmet står 12.
Professorerna höll sina föreläsningar på latin. Latinet var det språk som alla som ville studera vid ett universitet måste lära sig och det var universitetets officiella språk ända fram till 1852. Den som kunde tala latin kunde på 1600-talet kommunicera med andra lärda från hela Europa, på lite motsvarande sätt som man i dag klarar sig ganska långt på engelska. Först mot slutet av 1700-talet blev det vanligt att professorerna föreläste också på svenska, det språk som de flesta studenter till vardags talade sinsemellan även om många också hade finska som hemspråk.
För dagens studenter som är vana vid att sitta i uppvärmda föreläsningssalar skulle auditorierna i det gamla akademihuset ha varit en annorlunda upplevelse. Eftersom salarna var ouppvärmda blev det på vintern ibland så kallt att det var svårt för studenterna att göra anteckningar då deras fingrar var stela av köld. Särskilt fattiga studenter som inte hade råd med varma vinterkläder var ofta tvungna att helt enkelt utebli från föreläsningarna. Professorerna klagade dessutom över att de ibland inte kunde göra sin röst hörd för allt oljud som förorsakades av de rörelser studenterna gjorde för att avvärja kölden. Förutom offentliga föreläsningar i akademihuset höll professorerna avgiftsbelagda lektioner, s.k. kollegier, i sina privata hem.
Petrus Gyllenius studerade i Åbo i närmare tio års tid, varav en stor del gick åt till arbetet i borgmästarfamiljen och till annan privatundervisning. År 1658 kunde han dock slutligen som utexaminerad magister från den Kungliga akademin i Åbo återvända till sina hemtrakter i Värmland där han blev präst. Sina studieår i Åbo, i den östra halvan av det svenska riket, ihågkom han under resten av livet som en glad tid. Trots att studiespråket i Åbo hade varit svenska och latin hade Gyllenius under sina år i Åbo också lärt sig lite finska. Kunskaperna i finska kunde han senare dra nytta av hemma i Värmland där han under 1660-talet ibland predikade för de finnar som bodde i de s.k. finnbygderna i det svenska rikets västligaste regioner.